X/1999 ~ Story

"Geh nach Tokyo! Dein Schicksal wartet!" waren die letzten Worte seiner Mutter und so betritt Kamui Shiro nach sechs Jahren erstmals wieder Tokyoter Boden. Dort trifft er auch seine alten Freunde, Fuma Monou und dessen jüngere Schwester Kotori, wieder. Doch da er bespitzelt und verfolgt wird, möchte er verhindern, dass die beiden in seine Probleme mit hineingezogen werden, und hält sich deshalb von ihnen fern. Trotzdem kann er nicht verhindern, dass Fumas und Kotoris Vater von einem Unbekannten ermordet wird. Sorata Arisugawa, ein junger Mönch vom Tempel Koyasan, eröffnet dem sich mit Selbstvorwürfen quälenden Kamui, dass der letzte Kampf um das Weiterbestehen der Erde bevorstehe und das Schicksal der Welt auf seinen, Kamuis, Schultern ruhe.
Sorata führt Kamui in ein Kellergewölbe des Paralemntsgebäudes, wo er auf die Traumseherin Hinoto trifft, die träumend in die Zukunft sieht. Sie zeigt Kamui einen Traum, in dem die Menschheit von den sieben Boten (Erddrachen) vernichtet wird, und bittet ihn, als einer der sieben Siegel (Himmelsdrachen) die Menschheit zu retten. Der Traum wird durch Hinotos jüngere Schwester Kanoe gestört, die ihm erklärt, dass er anstelle eines Himmelsdrachens - der die Erde opfert, um die Menschheit zu retten - auch ein Erddrache werden kann, der durch die Vernichtung der Menschheit die Erde rettet. Es ist seine freie Entscheidung...
Soll er als Himmelsdrache die Menschheit in ihrem jetzigen Zustand bewahren oder als Erddrache die "Reform" anstreben, um die Erde zu retten? Natürlich trägt Kamui schwer an dem ihm aufgebürdeten Schicksal, aber er wird sich schnell darüber klar, dass die ihm wichtigsten Menschen Fuma und Kotori sind. Er entscheidet sich, der "Kamui der Himmelsdrachen" zu werden, um den Lebensraum der beiden zu bewahren. Was er nicht weiß: Dies hat zu Folge, dass Fuma nun der "Kamui der Erddrachen" wird! Fuma wurde mit dem Schicksal geboren, den Platz einzunehmen, den Kamui nicht wählt, und so der "Kamui" der Gegenseite zu werden. Der nun zu einem Erddrachen erwachte Fuma greift Kamui mit dem heiligen Schwert an, ermordet vor dessen Augen seine eigene Schwester Kotori und verschwindet. "Auch dich werde ich töten!" ist alles, was er noch sagt. Und so beginnt der grauenvolle Kampf um die Zukunft der Erde...